医疗废物在医疗机构内的处理流程主要分为：分类收集、高压灭菌处理、院内转运、暂时贮存、转交集中处置。要从病原学上确定新冠肺炎疑似患者是否感染新冠病毒，并对患者病情进行评估，需要用核酸检测原料病毒保存液采集样本进行检测。所检测样本包括鼻咽拭子、痰、血液、尿液等。
在完成检测后，检测人员会先对这些标本进行高压灭菌
新冠肺炎疫情爆发后，北京佑安医院作为定点收治医院，收治确诊及疑似病例患者。该院临床检验中心主任赵艳研究员接受科技日报记者采访时表示：“检验人员完成样本检测后，产生的医疗废弃物主要为检测后标本、检测过程中产生的实验废弃物（如固体废弃物样本容器、加样枪头等），以及在检验设备在实验过程中所产生的的废液。所产生的的这些医疗废物，按照《医疗废物分类目录》，属于感染性医疗废物。”
按照《医疗废物管理条例》及相关规定，对于医疗废物中可能含有病原体的标本、耗材、实验废液等高危险废物，实验室检测人员需要在实验室就地进行压力蒸汽灭菌或者化学消毒处理。对检测后标本、检测过程中与标本接触的废弃耗材，采用压力蒸汽灭菌。至于感染性废液，需要用有效氯含量0.55％消毒剂浸泡，并验证灭菌效果后，排入实验室水处理系统。
“需要注意的是，压力蒸汽灭菌并不适用所有的医疗废弃物。压力蒸汽灭菌主要适用于处理感染性废物和损伤性废物，不适用于病理性废物、化学性废物和药物性废弃物。”赵艳谈到。
对标本消毒后要做好登记，集中储存
河南省卫生厅临床检验中心、郑州大学第一附属医院检验科发布《新型冠状病毒标本实验室检测及生物安全处理程序》（一下简称《处理程序》），其中提到，医疗废物专用包装袋、利器盒的外表面应当有警示标识，在盛装医疗废物前，应当进行认真检查，确保其无破损、无渗漏。
而医疗废物的收集桶应为带盖脚踏式。每个包装袋、利器盒应当系有或粘贴中文标签，标签内容包括：医疗废物产生单位、产生部门、产生日期、类别，并在特别说明中标注“新型冠状病毒感染的肺炎”。
另外，检验人员要严格对压力蒸汽灭菌处理后的医疗废物进行登记。据悉，登记内容包括医疗废物的来源、种类、重量或者数量、并进行集中处置。
最后为防止病毒泄露，确保生物安全，采取相应的安全保卫措施
对病毒样本的规范处理涉及到生物安全。历史上曾出现过因实验室管理不当，导致病毒泄露造成人员感染的事件。根据我国有关规定，新冠病毒属于高致病性病原微生物界定范畴。《条例》第三十三条明确指出，从事高致病性病原微生物相关实验活动的实验室的设立单位，应当建立健全安全保卫制度，采取安全保卫措施，严防高致病性原微生物被盗、被抢、丢失、泄漏，保障实验室及其病原微生物的安全。
如果病原微生物实验室发生高致病性病原微生物泄漏，实验室工作人员应立即采取控制措施，防止高致病性病原微生物扩散，并同时向负责实验室感染控制工作的机构或者人员报告。
